목록

법인 세무조사는 기업의 조세 회피 여부를 확인하고, 적정한 세금 신고를 유도하기 위한 중요한 절차이다. 기업은 다양한 세제 혜택을 받을 수 있는 반면, 거래의 투명성이 부족하거나 조세 부담을 부당하게 축소하려는 시도가 있을 경우 과세관청의 집중적인 감사를 받을 가능성이 높다. 
특히, 특수관계자 거래는 세무조사에서 주요 검토 대상이므로 철저한 준비가 필요하다. 
아래에서는 법인 세무조사 시 특수관계자 거래의 주요 쟁점과 대응 방안을 정리해 본다.

1. 특수관계자 거래
특수관계인과의 거래는 과세관청의 주요 조사 대상 중 하나로, 세법에서는 부당행위계산부인 규정을 두어 특수관계인과의 거래로 인하여 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 세법에 따라 소득금액을 재계산하도록 규정하고 있다(법인세법 제52조 및 소득세법 제41조). 

이에 따라 특수관계인으로부터 ①자산을 고가로 매입하거나 ②무상 또는 저가 양도 ③무상 또는 저율의 금전 대여 또는 용역 제공 등 부당한 행위·계산을 한 경우 시가에 따라 과세하도록 규정하고 있다(법인세법 시행령 제88조 제1항 각호 및 소득세법 시행령 제98조 제2항 각호). 

따라서 특수관계인과의 거래가 부당행위계산부인 규정의 적용 대상이 되지 않기 위해서는 ①실제 용역 또는 재화의 공급을 입증할 수 있어야 하며, ②거래의 경제적 합리성과 시가 적정성에 대해 충분히 검토해야 한다.

① 용역제공사실의 입증
과세관청은 특수관계자 간 거래를 조사할 때 실제 용역 제공이 이루어지지 않았다고 가정하는 경우가 많아 가공거래로 판단될 가능성이 크다. 따라서 특수관계자 간 거래는 실제 용역 제공이 이루어졌음을 입증할 수 있는 객관적 자료를 확보하는 것이 필수적이다. 

예를 들어, 업무 대화 내역. 이메일 기록, 회의록, 업무일지, 용역 수행보고서 등을 보관해 특수관계인과의 거래가 실질적인 경제적 목적에 따라 이루어진 것임을 입증해야 한다. 

최근 업무사례에서는 거래 상대방 법인 대표로부터 거래사실 확인서를 작성받아 제출하기도 했고, 업무관련 상대방과의 문자내역 등을 정리해 제출했다. 만약 이러한 용역 제공을 입증할 수 없는 경우, 과세관청은 해당 거래를 가공거래로 간주하여 부인할 가능성이 크며, 이로 인해 관련 세액이 추징될 수 있다. 

중요한 점은 해당 입증자료들이 사후에 언제든지 만들 수 있는 자료는 신빙성이 떨어지기 때문에 그 당시 작성되었다는 것을 입증할 수 있고 사후에 제작할 수 없는 객관적 증빙들을 미리미리 대비하는 것이 중요하다. 
업무대화도 대면미팅보다는 카톡이나 이메일로 문자화 해서 나누는 것이 입증하기 편하고, 대면미팅을 했다면 컴퓨터로 업무회의록을 작성하고 회의록을 저장 및 공유하는 업무형태를 추천한다.

② 거래 대가의 시가 적정성에 대한 판단
특수관계자 거래에서 또 하나의 핵심 요소는 거래 대가가 시가에 부합하는지 여부이다. 
세법에서는 특수관계인 간 거래가 일반적인 시장 가격(시가)와 비교하여 부당하게 낮거나 높게 설정될 경우, 조세 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 판단해 시가를 기준으로 과세할 수 있도록 규정하고 있다(법인세법 시행령 제89조 및 소득세법 시행령 제98조). 

따라서, 특수관계자 간 거래에서 세무 리스크를 최소화하기 위해서는 특수관계 없는 제3자 간의 유사 거래 사례 가격 확보, 동종 업종의 평균거래가액 분석, 감정평가기관의 평가를 통해 산출된 감정가격 등의 자료를 활용해 해당 거래가 시가에 부합함을 입증해야 한다. 따라서, 가격 산정의 합리성을 뒷받침할 수 있도록 내부 검토 자료 등을 충분히 준비해 향후 세무조사에 대비하는 것이 중요하다.

따라서, 특수관계자 거래를 진행하는 경우, 실제 용역 제공이 존재한다는 객관적 증빙자료를 충분히 확보하고, 거래 가격이 시가에 부합함을 입증할 수 있도록 사전 검토 및 관련 자료를 보관하는 것이 필수적이다. 제3자와의 거래 가격보다 높다면, 가격이 높아야 하는 정당성을 사전에 제안서 등의 자료로 확보한다던가 제3자 업체로부터 입찰이나 다른 제안서를 미리 받아두어 당시 가격 등을 비교하는 기록 등을 남겨두는 것이 좋다. 

이러한 준비가 미흡할 경우 과세관청의 세무조사 과정에서 가공거래로 인정되어 비용 부인에 따른 세부담 증가 및 세금계산서 관련 추가 과세 및 가산세 부과가 이루어질 수 있으므로, 특수관계자 거래에 대한 철저한 대비와 세무적 리스크 관리가 필요하다.

 

2. 특수관계자 공동경비의 안분 및 대납 문제
특수관계 법인 간 발생하는 공동경비(급여, 복리후생비, 여비교통비, 광고선전비 등)의 적정 배분은 법인세법상 중요한 세무 쟁점 중 하나로, 과세관청의 주요 조사 대상이다. 과세관청은 특정 법인이 타 법인의 비용을 대신 부담하는 방식으로 조세 부담을 부당하게 감소시키는 경우, 대신 부담해준 금액 상당액의 비용을 부인하여 세부담이 증가하게 된다. 

특수관계 법인 간의 공통경비 배분은 전기 또는 당기 매출액 비율 또는 총 자산가액 비율을 기준으로 안분해야 한다(법인세법 시행령 제87조). 

공통경비 배분이 불명확하거나 법인 간 배분 비율이 일관되지 않을 경우, 과세관청이 일부 비용을 부인할 가능성이 높아지므로 세무 리스크를 최소화하기 위해서는 법인 간 사전에 합의된 배분기준(전기 또는 당기 매출액 비율, 총 자산가액 비율 등)을 문서화하고, 내부 지침을 마련해 일관되게 적용하는 것이 좋다. 

또한 세무조사시 적정성을 입증할 수 있도록 공동경비 관련 비용 배분 내역, 계약서, 회계처리 내역, 경비 집행 내역 등 증빙자료를 철저히 보관해야 한다. 특수관계 법인 간 공동경비 배분은 법인세법상 엄격한 기준이 적용되며, 이에 대한 과세 리스크를 방지하기 위해서는 ①배분 기준을 명확하게 설정하고, ②일관되게 적용하며, ③적절한 증빙을 확보하는 것이 필수적이다. 

세무조사 시 불필요한 과세 위험을 방지하기 위해, 공동경비 배분의 합리성과 시가 적정성을 사전에 검토하고 지속적으로 관리하는 것이 필요하다. 

사무실 임대료나 그룹사의 마케팅 비용 및 전체를 위해 근무하는 근무자들의 공통경비등은 안분이 반드시 문제되기 때문에 사전에 조치를 하여 정산해두는 것이 바람직하고, 그 이외에 공동경비인지 여부가 드러나지 않을 수 있는 비용들은 사전에 계약서나 용역내용들을 검토해 공통비용인 것이 드러나는지 여부를 전문가에게 검토받아 보는 것이 필요하다.

 

3. 특수관계자 인건비
특수관계자에 대한 인건비 지급은 세무조사 시 주요 추징 쟁점 중 하나로, 과세관청은 실제 근로 제공 없이 형식적으로 인건비를 지급하여 법인 자금을 유출하는 사례에 대해 엄격한 조사를 진행하고 있다.

법인세법에서 인건비가 손금으로 인정되기 위해서는 ①실제 근로 제공이 입증되어야 하며, ② 근로의 대가가 시가에 따라 적정히 산정되어야 한다(법인세법 제19조). 이 요건을 충족하지 못할 경우. 과세관청은 해당 인건비를 가공 인건비로 판단해 법인세법상 손금불산입 대상으로 보며, 추가로 대표자 상여로 처분할 수 있다. 

특수관계인에 대한 인건비를 법인세법상 손금으로 인정받기 위해서는 실제 근로 제공 사실을 입증해야 한다. 
근로 계약서 작성은 기본이고 ①지문인식이나 사무실 차량 입출입 기록 등 객관적으로 입증할 수 있는 출퇴근 기록 ②자리배치표나 조직도상 확인할 수 있는 업무공간 ③업무 수행 내역(카카오톡 대화 또는 이메일) 등을 문서화해 해당 증빙을 근거로 근로 제공이 실제로 이루어졌음을 입증할 수 있도록 해야 한다. 

또한, 특수관계자에게 지급된 인건비의 합리성을 확보하는 것이 필수적이다. 이를 위해 동종 업계 및 유사 직무의 급여 수준을 비교해 특수관계인의 급여를 적정하게 지급해야 한다. 

실제 지급되는 특수관계자 인건비가 시가보다 과다할 경우, 과세관청에서는 이를 부당행위계산부인의 한 유형으로 보아 과다지급된 인건비를 비용으로 인정하지 않을 수 있다. 
특수관계자 인건비 지급과 관련하여 실제 근로 제공이 있었는지, 지급된 급여가 시가에 부합하는지 여부를 입증할 수 있는 자료를 충분히 확보하는 것이 중요하다. 

세무조사 시 불필요한 과세 리스크를 방지하기 위해, ①근로 제공 사실을 입증할 수 있는 객관적 자료를 지속적으로 관리하고, ②급여 지급의 합리성을 확보하며, ③적절한 내부 기준을 마련하는 것이 필수적이다.

 

4. 특수관계자 대여금
특수관계인 간 대여금 및 가지급금 거래는 과세관청이 집중적으로 검토하는 주요 과세 쟁점 중 하나로, 법인세법은 특수관계인에게 무상 또는 저리로 대여한 금액에 대해 시가에 상당하는 이자 수익(인정이자)을 계산하여 익금에 산입하도록 하고 있으며(법인세법 시행령 제89조), 반대로 법인이 특수관계인으로부터 차입한 자금의 지급이자가 일정 요건을 충족하지 못하면 손금으로 인정되지 않을 수 있다(손금불산입)(법인세법 제28조). 

특수관계자에게 대여한 금액이 있는 경우, 법인세법에 따라 인정이자를 계산하여 반영해야 한다. 

이 때 이자율은 가중평균차입이자율이 원칙이나, 납세자가 선택하는 경우 기획재정부에서 고시하는 이자율(4.6%)을 적용할 수 있으니 각 법인의 가중평균차입이자율과 고시 이자율을 비교하여 적절한 이자 수익(비용)을 계상해야 한다.
더욱이 과세관청에서는 대여금 뿐만 아니라 특수관계인간의 정당한 사유없는 채권 회수지연금액 또한 대여금으로 보아 세법상 불이익을 적용하고 있다. 

특수관계인 간의 매출채권이 장기간 회수되지 않을 경우, 과세관청은 이를 정상적인 영업거래가 아니라 사실상의 자금 대여로 간주하여 과세 처분할 수 있다. 

따라서, 특수관계인과의 매출 거래에서 발생한 매출채권이 장기간 미회수되지 않도록 지속적으로 관리하고, 부득이한 사정으로 회수가 지연될 경우, 해당 사유에 대해 명확히 기록하고 관련 증빙 등을 갖추어 향후 세무조사에 대비하는 것이 중요하다. 

특수관계자 간의 대여금 및 미수금 거래는 세무조사 시 주요 검토 대상이므로 대여금이 발생할 경우 적정 이자율을 반영하여 이자수익(비용)을 반영하고, 미수금이 장기화되지 않도록 적극적으로 회수 조치를 마련해야 한다. 

또한, 과세 리스크를 방지하기 위해 관련 계약서, 회계처리 내역, 회수계획서 등을 체계적으로 관리하고, 세무조사 대비 자료를 사전에 준비하는 것이 필수적이다.

법인 세무조사는 기업의 조세 회피 여부를 면밀히 검토하는 중요한 절차로, 특히 특수관계자 거래는 과세관청이 집중적으로 살펴보는 주요 쟁점 중 하나이다. 

이에 대비하기 위해서는 거래의 실질성을 입증할 수 있는 증빙자료를 철저히 준비하고, 거래가 시가에 부합함을 객관적으로 입증할 수 있도록 체계적인 관리가 필수적이다. 

따라서 세무조사에서 주로 다뤄지는 이슈들을 사전에 점검하고 대비함으로써 불필요한 세무 리스크를 최소화하는 것이 바람직하다. 

세무조사가 나오게 된다면, 위 자료들을 세무조사가 개시된 이후 준비한다는 것은 문제가 될 수 있기 때문에 사전에 전문가에게 검토받고 부족한 서류들은 미리 준비해둔다면 지급한 수수료 이상의 절세효과는 반드시 그 이상일 것이다. 

세무조사는 사후 대응이 아니라 사전 준비가 핵심이라는 점을 유념해 철저한 사전 점검과 체계적인 관리로 기업의 세무 리스크를 효과적으로 관리해야 한다.