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일반적인 부동산 양도의 경우, 주택(아파트, 단독주택 등)이나 상가(나대지, 구분상가, 꼬마빌딩 등) 중 하나의 용도에 해당하는 부동산만 거래되므로, 매매계약서 작성시 양도가액을 구분하여 기재하지 않는다. 

그러나, 1세대 1주택자가 보유한 상가주택을 양도하는 경우라면 어떨까?

소득세법에서 1세대 1주택자가 보유한 상가주택 양도 시, 주택에 해당하는 부분에 대해서는 1세대 1주택 비과세 혜택을 적용하고, 상가 부분에 대해서는 과세하도록 규정하고 있다. 
이에 따라, 주택과 상가의 건물면적 비율에 따라 비과세 여부는 다음과 같이 구분된다.

■ 주택 건물면적 ≤ 상가 건물면적인 경우 
주택에 해당하는 건물과 그 부수토지에 대해서만 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다. 상가 부분에 대해서는 비과세가 적용되지 않는다.

■ 주택 건물면적 ≥ 상가 건물면적인 경우 
① 주택과 상가의 양도가액 합계가 12억 원을 이하인 경우
주택과 상가 모두를 주택으로 보아 전체에 대해 비과세 규정을 적용
② 주택과 상가의 양도가액 합계가 12억원을 초과하는 경우
주택에 해당하는 건물과 그 부수토지에 대해서만 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다. 상가 부분에 대해서는 비과세가 적용되지 않는다.

따라서 소득세법상 규정을 활용하면, 주택의 건물면적이 상가보다 큰 경우로서 상가주택의 시세가 12억~13억 수준에서 형성되는 경우, 양도가액을 12억원으로 산정하는 것이 전체 건물 및 부수토지에 대해 비과세를 받을 수 있어 세후 현금흐름에 유리할 수 있다. 

한편, 상가주택의 시세가 12억원을 훌쩍 넘거나, 상가 면적이 주택보다 크다고 하더라도, 절세할 수 있는 방법은 존재한다. 
소득세법은 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우, 매매계약서에 각각의 가액을 구분하여 기재한 경우에는 해당 금액을 기준으로 양도차익을 계산하도록 규정하고 있다.

즉, 상가주택의 매매계약서를 작성할 때, 비과세 대상인 주택과 주택부수토지의 가액을 상대적으로 높게 기재하면, 비과세 적용 대상 금액을 더 크게 가져갈 수 있다.

그러나 이러한 방식이 무제한으로 허용되는 것은 아니다.

소득세법은 ‘매매계약서에 구분 기재한 가액’이 ‘구분 기재하지 않은 경우의 가액’과 비교하여 30% 이상 차이가 나는 경우, 그 구분 기재한 금액은 부적정한 것으로 보아 인정하지 않는다. 
이 경우 세무당국은 ‘구분 기재하지 않은 경우의 가액’으로 재계산하여 양도가액을 산정한다.  
아래 사례를 통해 살펴보자. 

<사례>
- 주택면적 : 120㎡ (기준시가 12억원) 상가면적 : 100㎡ (기준시가 18억원)
- 주택의 취득가액 5억원 상가의 취득가액 5억원 가정
- 보유기간 10년, 거주기간 10년인 상가주택

상기 사례의 상가주택의 양도가액이 50억원인 경우,  어떻게 매매계약서를 써야할까?


1. 매매가액의 파악
1) 매매가액을 구분 기재 하지 않고 일괄 50억원으로 적는 경우 (기준금액)
① 주택의 양도가액 : 50억원 × [12억원 ÷ (12억원 + 18억원)] = 20억원
② 상가의 양도가액 : 50억원 × [18억원 ÷ (12억원 + 18억원)] = 30억원


2) 매매계약서를 구분 기재하여 주택과 상가를 각각 25억원으로 적는 경우




∴ 매매계약서에 구분 기재한 주택과 상가의 가액이 ‘구분 기재하지 않은 경우의 금액(기준금액)’과 30% 이상 차이가 나지 않기 때문에, 해당 금액은 적합한 것으로 인정된다.
이에 따라, 기준금액에 따른 계산보다 5억원 더 많은 주택 가액에 대해 비과세 혜택이 적용된다.


3) 매매계약서를 구분 기재하여 주택을 28억원 상가를 22억원으로 적는 경우



∴ 욕심을 부린 케이스다. 이는 과도한 비과세 적용을 노리고 주택의 가액을 부적정하게 높인 사례에 해당한다. 
주택의 가액이 적정 시세와 현저히 차이가 나는 것으로 판단되면, 상가의 가액이 적정하게 산정되었는지 여부와 무관하게 계약서상 구분 기재된 전체 금액이 인정되지 않는다.

결과적으로, 세무당국은 전체 양도가액을 다시 기준금액에 따라 재산정하며, 이로 인해 비과세 대상이 되는 주택가액 또한 20억원으로 조정된다.


2. 양도소득세의 판단
1) 매매가액을 구분 기재 하지 않고 일괄 50억원으로 적는 경우 (기준금액)
▶ 총 납부세액 975,628,500원 (=양도소득세 + 지방소득세)


2) 매매계약서를 구분 기재하여 주택과 상가를 각각 25억원으로 적는 경우 
▶ 총 납부세액 821,188,500원 (=양도소득세 + 지방소득세)


3) 매매계약서를 구분 기재하여 주택을 28억원 상가를 22억원으로 적는 경우 
▶ 총 납부세액 975,628,500원 (=양도소득세 + 지방소득세)

간단한 사례를 통해, 상가주택을 동일한 금액에 양도하더라도 매매계약서의 작성 방식에 따라 절세가 가능하다는 점을 확인할 수 있다.

다만, 실제 매매계약 과정에서는 사례처럼 단순하게 적용되지 않는 경우가 대부분이므로, 전문가의 조언을 받은 후 신중하게 진행하는 것이 바람직하다.