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최근 보건복지부가 코로나19 손실보상금(이하 ‘손실보상금’) 내역을 과세당국에 제공하면서 의료기관을 대상으로 한 실태 점검이 본격화되고 있다. 

손실보상금 자체가 과세대상 소득에 해당하지 않는다는 점은 이미 기획재정부 유권해석을 통해 비교적 명확해졌지만, 정작 손실보상금과 관련된 비용 가운데 어떤 항목을 공통필요경비로 보아 안분해야 하는지를 둘러싼 실무 혼란은 여전히 크다. 
실제 세무조사를 대응한 경험을 바탕으로 현장에서 벌어지는 쟁점과 실무상 문제가 무엇인지 살펴본다.


1. 코로나 손실보상금은 수익사업 소득에는 해당하지 않아

정부는 2020년 초 코로나바이러스감염증-19(이하 ‘코로나19’)가 확산되기 시작하자 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」(이하 ‘감염병예방법’) 제36조에 따라 감염병 관리기관 등을 지정하고, 같은 해 8월부터는 정부와 지자체의 방역 조치로 인해 발생한 의료기관, 약국, 일반영업장 등의 손실을 보상하기 위해 감염병예방법 제70조를 근거로 손실보상 제도를 운영해왔다. 이러한 손실보상금은 의료기관이 감염병 관리시설을 설치·운영하면서 발생한 시설철거비, 폐기물처리비, 환자전원비 등 직접비용, 그리고 미사용 병상손실이나 일반환자 감소로 인한 기회비용으로 구분해 지급되었다. 

이러한 손실보상금에 대해 기획재정부는 세 차례에 걸쳐 유권해석을 했다.



기획재정부는 손실보상금이 수익사업 소득에 해당하지 않는다는 점을 ①대가성 ②용역 제공 여부 ③수익성 측면에서 종합적으로 판단했다. 

먼저 대가성 측면에서 의료용역의 거래 당사자는 병원과 코로나19 환자이며, 국가는 이 거래와 직접적인 관련이 없는 제3자라는 점에서 손실보상금은 정부 방역정책으로 인해 불가피하게 발생한 손실을 일정 부분 보전하기 위한 재정지원의 성격으로 지급되는 것이어서, 코로나19 환자에게 제공한 의료용역의 반대급부라고 보기 어렵다고 설명했다.

또한, 용역 제공의 사실 여부를 기준으로 보더라도 손실보상금은 수익사업과 관련이 없다고 판단했다. 감염병관리기관으로 지정된 의료기관은 일반환자를 대상으로 진료를 제공할 수 없었고, 이러한 상황에서 발생한 손실을 보전하기 위해 국가가 보상금을 지급한 것이므로, 이를 일반환자 진료용역과 연결된 대가로 해석하기는 어렵다. 

설령 ‘일반환자 진료를 하지 못해 발생한 손실의 보전’이라고 보더라도, 용역을 제공받지 못한 일반환자라는 상대방을 특정할 수 없고 실제 진료용역 자체가 이루어지지 않았다는 점에서 의료용역 제공과의 직접적 대응관계를 인정하기는 어렵다는 설명이다.

또한, 수익성 측면에서도 손실보상금은 특정 용역의 제공에 대한 대가라기보다는 코로나19 확산 방지와 환자 치료 지원이라는 공익 목적 아래 발생한 손실을 국가가 조건 없이 보전하는 금액에 가깝다. 
기획재정부는 이러한 특성을 종합할 때 손실보상금을 법인세법상 ‘수익사업에서 발생한 소득’으로 볼 수 없다는 점이 명확하다며 최종적으로 익금 불산입이 타당하다는 입장을 제시했다.

이러한 기획재정부 유권해석에 따라 코로나19 손실보상금은 수익사업에서 발생한 소득으로 보지 않는다는 점이 명확해졌다. 다만 해당 해석이 나오기 전인 2021사업연도 법인세 신고 과정에서는 일부 의료법인이 손실보상금을 수익사업과 직접 관련된 보상금으로 판단해 수익사업 소득에 포함해 신고·세무조정을 한 사례도 있었다. 

개인사업자의 경우에도 상황은 동일하다. 의료업을 영위하는 개인이 감염병관리기관 지정 또는 격리시설 설치·운영으로 인해 발생한 손실을 보전받기 위해 지급받은 손실보상금은 사업소득 총수입금액에 포함되지 않는다. 따라서 과거 손실보상금을 수익금액에 포함해 법인세나 종합소득세를 신고한 경우라면, 현재의 기획재정부 유권해석을 근거로 법인세 또는 종합소득세의 경정청구 가능성을 검토해볼 필요가 있다. 


2. 그렇다면 해당 손실보상금에 대응하여 지출된 비용은 손금(필요경비)로 인정될까?

손실보상금이 익금에서 제외된다면, 이에 대응되는 비용은 어떻게 조정해야할까. 
조세심판원은 최근 여러 결정에서 손실보상금이 특정 진료 분야에 한정된 보상이 아니라 의료기관 전체의 손실을 보전하는 성격이 강하다는 점을 강조하며, 실제로 미사용 병상 손실보상금의 산정 방식이 급여·비급여 진료비, 병상수, 영업일수, 환산지수 등을 반영해 병원 전체 비용 구조를 반영해 계산되는 만큼, 의료법인이 지출한 비용들이 손실보상금과 완전히 무관하다고 보기는 어렵다고 판단했다. 

이에 따라 심판원은 손실보상금에 대응하는 비용은 필요경비로 인정되지 않는다는 점, 즉 손금불산입 대상으로 보아야 한다는 입장을 명확히 하고 있다.

다만 손실보상금과의 직접적인 대응관계가 분명한 개별 비용은 바로 손금불산입하면 되지만, 실제 장부에서는 비용의 귀속이 명확히 구분되지 않는 경우가 많아 상당 부분이 ‘공통손금’에 해당한다는 점이 또 다른 쟁점이다. 조세심판원은 이러한 공통손금에 대해서는 안분 계산을 통해 조정해야 한다는 입장을 일관되게 유지하고 있다(조심 2024전2610 등).

문제는 이러한 안분 기준을 실제 장부에 적용하는 과정이 생각보다 훨씬 복잡하다는 점이다. 단순한 산식만으로는 해결되지 않고, 비용의 성격과 실제 발생 부문을 세밀하게 구분해야 하다 보니 적용 과정에서 오류가 발생하기 쉽다. 
특히 코로나19 전담 병상 운영과 직접 관련이 없는 일반 진료보서의 비용까지 공통필요경비에 포함해 안분하는 사례가 적지 않은데, 조세심판원은 이러한 방식이 수익·비용 대응의 원칙에도 부합하지 않는다고 판단했다. 

손실보상금은 ① 미사용 병상 손실 ② 일반환자 감소 손실 ③ 회복기간 손실 등 코로나19 대응 과정에서 발생한 손실을 보전하는 성격을 가지므로, 치과·산부인과·안과·재활의학과 등 코로나 병상 운영과 무관한 일반 의료사업에 대응되는 비용을 공통손금으로 보아 안분하는 것은 합리적이지 않다는 것이다.

실제로 코로나19 전담 병동 의료진이 별도로 배치된 병원의 경우, 전담 병동과 무관하게 일반 진료를 담당한 의료진의 인건비나 일반환자 감소와 관계없이 발생하는 관리운영비, 감가상각비, 접대비, 여비교통비 등은 손실보상금과 직접 대응되는 비용으로 보기 어렵다. 

조세심판원은 이러한 비용은 공통손금의 범위에서 제외하는 것이 타당하며, 반대로 전담 병동 운영과 직접 관련된 관리운영비, 예를 들어 전담 병동이 위치한 본관 건물의 감가상각비, 전기·수도료, 연료비 등을 손실보상금 관련 공통손금으로 봐야 한다는 것을 명확히 했다.

이와 같은 취지에서 조심2025부831(2025.5.26.), 조심2025인1130(2025.08.25.), 조심2024광5171(2025.10.16.) 역시 일반 의료사업에 대응하는 개별 비용과 손실보상금과 직접 관련이 없는 비용을 먼저 명확히 제외한 뒤, 남은 금액만을 조정된 공통손금으로 보아 안분해 과세표준을 다시 계산해야 한다고 판단했다. 

결국 핵심 쟁점은 어떤 비용을 공통손금으로 인정할 것인가에 대한 기준설정이며, 심판원은 이 부분을 판단함에 있어 의료기관 회계기준과 실제 병원 운영 구조 등을 고려해 종합적으로 판단해야 한다고 보았다. 


3. 논리적 대응 필요

코로나19 손실보상금 과세의 핵심은 손실보상금의 익금불산입과 대응비용의 손금불산입이라는 기본 원칙 자체가 아니라, 공통필요경비의 범위를 어디까지 인정할 것인가에 달려 있다. 어떤 비용을 공통필요경비로 포함하고, 어떤 비용을 제외하며, 그 안분 기준을 어떻게 설정하느냐에 따라 최종 손금불산입 금액은 크게 달라질 수 있기 때문이다.

따라서 의료기관은 비용 구조를 정확히 구분하고 합리적으로 안분하는 과정에서 불필요한 세부담이 발생하지 않도록 주의해야 한다. 특히 장부 구조와 비용 항목이 복잡한 의료기관의 경우 전문적인 해석이 필요한 부분이 많아서 담당 회계팀 직원도 양도 방대하고 내용도 정확하게알 수 없어 그 비용을 구분하는 작업을 할 때 어디서부터 시작해야할지 막막한 상황에 놓이게 된다. 

코로나라는 최근 발생한 특수한 쟁점이라는 점에서 관련 경험이 있는 전문가의 조력을 받아 대응 전략을 세워보는 것을 권장한다. 특히나 손실보상금을 수익으로 인식한 경우 단순히 경정청구를 한다고 하여 인용되는 것이 아니라 그에 대응하는 비용을 어디까지 불산입 해야하는지에 명확히 입증되지 않는다면 정당세액이 확정되지 않아 경정청구는 받아들여지지 않을 가능성이 높지 않다는 점에서 진짜 전문가를 찾아가는 것이 중요하다.