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소득세법상 1세대 1주택 비과세는 국내에 주소나 183일 이상의 거소를 둔 거주자에게 적용하며, 비거주자에게는 적용되지 않는 것이 원칙이다. 2026년부터는 개정된 시행령에 따라 거주자 판정 기준이 변경되었고, 기획재정부의 유권해석 변경으로 장기보유특별공제 적용 방식도 달라졌다.
이하에서는 2026년 개정된 거주자 판정 기준과 함께 장기보유특별공제 특례공제율 적용 방식의 변경 내용을 살펴본다.

1. 거주자와 비거주자의 판정 기준

거주자란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 의미하며, 비거주자는 거주자가 아닌 개인을 말한다.
이 때 주소는 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활 관계의 객관적 사실에 따라 판정하며, 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가졌거나 국내에 가족과 자산이 있어 계속 거주할 것으로 인정되는 때에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다. 또한, 거소는 주소지 외의 장소 중 상당 기간 거주하는 곳을 말하며, 국내 체류 기간은 입국일 다음 날부터 출국일까지로 계산한다.

다만, 해외이주 또는 1년 이상 국외 거주를 필요로 하는 취학·근무상의 형편으로 세대 전원이 출국하는 경우로서 출국일 현재 1주택을 보유하고 출국일부터 2년 이내에 해당 주택을 양도하는 때에는 예외적으로 비거주자에게도 비과세를 적용한다.


2. 2026년부터 달라지는 거주자 판정 방법

(1) 거주자 판정 기간의 확대
국내에 183일 이상 거소를 두었는지를 기준으로 거주자 여부를 판정할 때 종전에는 1과세기간(당해 연도) 동안 183일 이상 거소를 둔 경우만 거주자로 보았다. 그러나 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간부터는 2과세기간에 걸쳐 계속하여 183일 이상의 거소를 둔 경우에도 국내에 183일 이상 거소를 둔 것으로 보아 거주자로 판정한다.

(2) 국내 거소로 간주되는 일시적 출국 사유 명확화
국내 거소 기간을 계산할 때 출국한 기간도 국내 거소 기간으로 인정해 주는 일시적 출국 사유가 명확하게 규정되었다. 즉, 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국 후 다시 입국한 경우로서 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산소재지 등에 비추어 그 출국목적이 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 기간으로 보는데, 기존에는 관광이나 질병 치료 등의 사유만 예시되어 그 외 다른 사유가 어디까지 가능한지 불분명했으나 개정된 시행규칙은 다음과 같이 그 범위를 명확히 규정했다.
1. 단기 관광  2. 질병의 치료  3. 친족 경조사 참석
4. 출장·연수 등 사업의 경영 또는 업무와 관련된 사유  5. 그 밖에 이에 준하는 사유


3. 장기보유특별공제의 일반공제와 특례공제 구조

장기보유특별공제는 자산의 양도차익에서 보유 및 거주기간에 따른 일정 비율을 차감하는 제도로서 적용대상에 따라 두 가지 공제율 체계를 가진다.

(1) 일반 공제율
상가, 토지 또는 다주택자의 주택 등 일반적인 부동산 양도 시 적용되는 공제율이다. 보유기간에 따라 연 2%씩 적용하며, 15년 이상 보유했을 때 최대 30%를 양도차익에서 공제한다.

(2) 특례 공제율
1세대 1주택자가 해당 주택에서 2년 이상 거주한 경우에만 적용되는 공제율이다. 이는 보유기간에 따른 공제율(연 4%)과 거주기간에 따른 공제율(연 4%)을 각각 계산하여 합산하는 방식이다. 이에 따라 10년 이상 보유하고 거주한 주택을 양도할 경우 최대 80%의 공제율을 적용받을 수 있다.
비거주자는 특례공제율을 적용받지 못하고, 일반공제율만 적용받을 수 있다. 따라서 양도 시점의 거주자 판정 결과에 따라 일반공제(30%)와 특례공제(80%) 중 어느 공제율을 적용받느냐가 결정되므로 거주자 판정은 세부담을 결정짓는 중요한 요소가 된다.


4. 거주자 전환 시 장기보유특별공제 계산방법에 대한 해석 변경

거주자가 해외 체류 등으로 비거주자가 되었다가 다시 거주자로 전환되어 1세대 1주택을 양도할 때 비거주자였던 기간을 특례공제 계산을 위한 기간에 포함할지에 대한 해석이 변경되었다.

(1) 기존 국세청 유권해석
종전 국세청 유권해석(사전법령해석재산2017-0679, 2019.11.29.)에 따르면, 거주자가 주택 취득 후 비거주자가 되었다가 다시 거주자가 되어 양도하는 경우 비거주자였던 기간은 특례공제 적용을 위한 기간에서 제외했다. 즉, 전체 기간에 대한 일반공제와 거주자로서의 기간에 대한 특례공제 중 큰 공제율을 적용하도록 하여 납세자의 세부담이 증가하는 결과가 발생했다. 해당 국세청 예규는 기재부의 새로운 해석이 생성됨에 따라 삭제 정비됐다.

(2) 변경된 기획재정부 유권해석
기획재정부의 새로운 유권해석(조세정책과-69, 2025.01.13.)은 양도일 현재 거주자 상태에서 1세대 1주택을 양도한다면 비거주자였던 기간을 포함한 전체 보유기간 및 거주기간에 대해 특례공제를 적용하도록 했다. 이는 소득세법에서 자산의 보유기간을 취득일부터 양도일까지로 규정하고 있으며, 비거주자 기간을 제외한다는 별도의 명시적 규정이 없다는 점 등을 근거로 한다.

결과적으로 과거 비거주자 신분으로 보유했던 기간이라 하더라도 양도 시점에 거주자라면 전 기간을 인정받게 되어 최대 80%의 공제 혜택을 적용받을 수 있다.

거주자 판정과 1세대 1주택 비과세 적용 여부 등은 개별적인 사실관계에 따라 그 판단이 달라질 수 있으므로 전문 세무사의 상담을 받는 것을 권장한다.